国科大海洋学院下设7个教研室，其中以海洋科学一级学科下的二级学科为主，设置物理海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质学4个基础教研室；围绕交叉学科和新兴产业需求，设置装备与技术、海洋战略、未来海洋3个特色教研室。
海洋学院拥有一支科教融合的高水平师资队伍，包括专任教师51名，研究生导师295名，其中院士4人，“杰青” 17人；教授203人、副教授92人。他们长期承担国科大研究生的教学工作和培养工作，积累了丰富的教学和培养经验。（数据截至2020年6月）
